結論から言うと、使用しても問題無いと思いますが、いくつかの注意点があります。
1.     Diskkeeper LiteはWindows 98/Me/NT 4.0/2000/XPで使用可となっていますが、本来のDiskkeeperにはサーバー用とクライアント用があります。Diskkeeper Liteがサーバーに対応しているか否かをメーカー又は販売代理店に確認することが必要です。

2.     ご質問に「ディスク容量が少なくなってきたため」とありますが、デフラグを実行する場合、同一パーティション内に移動ファイルを一時的に逃がすエリアが必要です。大きいファイルが存在する時は効率よく出来ない場合があります。

3.     実行する場合は不測の事態になることを想定して、重要ファイルのバックアップは必ず取るようにしましょう。（特にファイル操作ツールを使用しますので必須です)

4.     実行は自己責任において行ってください。

【ディスクの空き容量確保について】
今回のような容量不足解消目的でのデフラグはあまり大きな効果は期待できません。これは、OSが行うファイル格納の仕組みをある程度理解することが必要ですのでここでは割愛します。どちらかといえば、デフラグはディスクアクセス（ファイルの読み書き）の性能向上に効果があると思われた方が良いでしょう。容量不足解消であれば、ディスク中のファイルを再精査し、不要ファイルや常時格納の必要性を検討して、MO等に退避するなどで空き容量を確保した方がより効果的と思います。